Des dels anys 80 el Museu Ciències Naturals de Granollers realitza estudis arreu de Catalunya amb l’objectiu principal de conèixer millor els ratpenats (quiròpters) i contribuïr així a la seva conservació.
Al MGCN es duen a terme diverses línies de treball al voltant dels lepidòpters. Majoritàriament, la recerca es fonamenta en la base de dades fornida pel Catalan Butterfly Monitoring Scheme (CBMS), el projecte de seguiment de papallones diürnes a Catalunya. Tanmateix, altres línies de recerca exploren diversos aspectes de l’ecologia dels lepidòpters, i només es relacionen amb el CBMS de forma indirecta.
L'any 2005 un equip de científics de la Universitat de Barcelona i el Museu de Ciències Naturals de Granollers va descobrir una nova espècie d'amfibi, el tritó del Montseny (Calotriton arnoldi).
Des de primers dels anys vuitanta del segle passat el Museu de Granollers realitza estudis sobre petits mamífers en diversos espais naturals catalans. En alguns espais es desenvolupa un seguiment mantingut en el temps, mentre que en altres s’han fet prospeccions puntuals per conèixer les espècies de petits mamífers presents.