La recerca científica és una de les activitats principals del Museu de Granollers Ciències Naturals. Aquesta recerca es reparteix en diferents àrees en funció dels organismes estudiats. Tenim així les àrees d'investigació en quiròpters, en lepidòpters, en petits mamífers i en herpetologia (amfibis i rèptils) cadascuna de les quals porta a terme diferents projectes.
La qualitat de la recerca científica del Museu queda avalada per la publicació dels resultats en revistes científiques de prestigi internacional.